Sejarah terbentuknya Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Mulawarman (selanjutnya disebut FKIP unmul) diawali dengan dibentuknya presidium yang bernama Presidium IKIP Samarinda pada tahun 1972, yang kemudian secara resmi menyatakan diri bergabung dengan Universitas Mulawarman dengan melebur menjadi salah satu fakultas. Penggabungan Presidium IKIP Samarinda menjadi fakultas ke-5 di Universitas Mulawarman pada saat itu dikukuhkan melalui persetujuan Gubernur KDH Tingkat I Kalimantan Timur oleh Bapak A. Wahab Syahranie dan melalui Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Nomor: 181/D/E/1978. Dalam perspektif waktu, FKIP unmul telah melewati sebuah sejarah perjalanan panjang sebagai fakultas yang mengemban amanah pada penyelenggaraan tri dharma perguruan tinggi bidang pendidikan di daerah. Kini, Universitas Mulawarman telah memiliki 13 (tiga belas) fakultas dengan berbagai program studi.

Program Studi Magister Pendidikan Biologi adalah salah satu Program Studi yang ada di Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Mulawarman yang didirikan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No 457/E/O/2014 tentang izin penyelenggaraan program studi keguruan biologi program magister pada Universitas Mulawarman di Samarinda  tanggal 7 Oktober 2014. Pada tahun 2020 dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 527 /M/2020 tentang perubahan nama Keguruan Biologi Program Magister menjadi Program Studi Pendidikan Biologi Program Magister.